Im End gibts ja in den Schiffen Braustände mit Heilungstränken. Wenn man diese Tränke in eine Enderchest legt, sich ausloggt und dann wieder joint, sind es nur noch Wasserflaschen. Legt man sie in eine normale Kiste oder behält sie im Inventar, dann bleiben sie.
Beim Zweiten weiß ich nicht, ob das so gewollt ist:
In den Endfestungen gibt es ab und an 3stöckige Gebäude. In diesen befinden sich gegenüber der Leiter zwei Kisten (Enderchest und normale Kiste). Bei der Annäherung an eine solche Festung zerstören sich teilweise die Kisten selber und es liegt nur noch der Inhalt herum. Wenn man also nicht schnell genug ist, dann verschwinden diese Items. Das geschieht nur in den 3stöckigen Gebäuden.